A Flatpak csomagokról már volt szó. Egy olyan csomagolási megoldás Linux alatt, melynél úgy kerül a gépedre az adott felhasználói program, hogy minden függőséget a csomag tartalmaz. De ez nem azt jelenti, hogy minden „függőség”, runtime stb. az adott csomag része. Ezek közül sok olyan van, melyet nem csomagolnak be minden felhasználói programhoz, hanem külön Flatpak csomagokat hoznak létre.