A link-time optimization (LTO), vagyis a fordítási idő utáni optimalizáció, elméletileg jelentős teljesítménynövekedést hozhat, ugyanakkor a lefordított binárisok hibakeresése jóval bonyolultabbá válik. A Mesa fejlesztői szerint az LTO használata véletlenszerű, lehetetlenül hibakereshető problémákat okozott, ezért a Mesa építésekor mostantól tiltott a LTO.

A Mesa Git-be ma bekerült módosítás a Meson build rendszert úgy állítja be, hogy ha a fordítóban a -flto flag szerepel, a build hibával leálljon, a felhasználónak pedig a következő üzenetet adja:

"Building Mesa with LTO is not supported. Please disable LTO for building Mesa."

Ez a változtatás egyértelművé teszi a felhasználók és csomagkészítők számára, hogy az LTO nem támogatott a Mesa esetében, és így elkerülhetők a rejtélyes, nehezen reprodukálható hibák. Azok számára, akik mégis ragaszkodnak az LTO-hoz, a Mesa kínál egy opcionális allow-broken-lto flag-et, amellyel felülbírálható a tiltás, és folytatható az LTO-val optimalizált build.

A fejlesztők reménye szerint a jövőben a GCC, és kisebb mértékben a LLVM/Clang LTO-támogatása javulni fog, így a Mesa build-ellenőrzések is módosíthatóak lesznek azok számára, akik a nagyobb teljesítmény érdekében szeretnék használni az LTO-t.