1996. szeptember 21-én a New York Times cikk figyelmeztetett arra, hogy mennyire veszélyes a számítógépekbe túlzottan bízni, miután egy vizsgálat feltárta, hogy egy programozási hiba hozzájárulhatott az American Airlines 965-ös járatának balesetéhez Kolumbiában, 1995 decemberében. A pilóták látszólag az első jeladó választását tették meg az autopilot irányítására, anélkül, hogy ellenőrizték volna, hogy ez valóban az, amit akartak. Ennek eredményeként a gép 100 mérfölddel eltért az útvonalától, ami végzetes következményekkel járt: 159 ember életét vesztette.
Az American Airlines 965-ös járata egy rendszeres menetrend szerinti járat volt a floridai Miami Nemzetközi Repülőtérről a kolumbiai Cali Alfonso Bonilla Aragón Nemzetközi Repülőterére. 1995. december 20-án a Boeing 757-200-as gép, amely ezt az útvonalat repülte, egy hegynek ütközött Bugában, Kolumbiában, 151 ember halálát okozva a 155 utas közül, valamint az összes nyolc fős személyzetét. A 965-ös járat volt a legtöbb áldozatot érintő légi katasztrófa, amely amerikai légitársaságot érintett a Pan Am 103-as járatának 1988-as felrobbantása óta. Öt utas, akik közvetlenül egymás mellett ültek, túlélték az ütközést, de egyikük két nappal később a sérülései miatt meghalt. A négy emberi túlélőn kívül egy kutya is túlélte a balesetet, aki a raktérben egy szállítódobozban volt a baleset idején.
A Kolumbiai Polgári Légiközlekedési Különleges Igazgatóság vizsgálta a balesetet, és megállapította, hogy a pilóta személyzet navigációs hibái okozták azt.
A baleset idején a 965-ös járat főként olyan embereket szállított, akik a karácsonyi ünnepek miatt tértek vissza Kolumbiába, valamint nyaralókat és üzletembereket. Az Egyesült Államok északkeleti részén egy téli vihar miatt a légitársaság harminc perccel elhalasztotta a járat indulását, hogy lehetővé tegye a csatlakozó utasok beszállását, így a 965-ös járat 17:14-kor indult a D33-as kaputól Miami-ban, majd a 27R-es kifutóra gurult, de az idénybeli forgalmi dugók miatt a 757-es 18:35-kor, 1 óra 21 perces késéssel szállt fel.
A pilótafülke személyzete Nicholas Tafuri kapitányból (57 éves) és Donald Williams első tisztből (39 éves) állt. Mindkét pilóta magasan képzett légi személyzetnek számított. Tafuri kapitány több mint 13,000 repült órával rendelkezett, míg Williams első tiszt közel 6,000 órát repült. A kabin személyzete Pedro Pablo Calle purserből és Magdalena Borrero, Rosa Cabrejo, Teresa Delgado, Gilberto Restrepo és Margaret „Maggie” Villalobos légiutaskísérőkből állt. Az összes kabin személyzet Kolumbiában született, és a Braniff International Airways veteránja volt, akik az Eastern Air Lines-hoz, majd később az American Airlines-hoz kerültek, amikor átruházták az útvonalakat egyik légitársaságtól a másikhoz. Önkéntesen választották ezt a járatot, mint a senioritás alapján járó kiváltságot, hogy karácsony alkalmával több időt tölthessenek családjukkal Bogotában.
Cali légiirányítói nem rendelkeztek működő radarral a 757-es megfigyelésére, mivel azt 1992-ben a FARC terrorcsoport felrobbantotta. Cali megközelítése több rádiójeladót használ a pilóták tájékoztatására a várost körülvevő hegyek és szurdokok között. A repülőgép repülési irányító rendszere már tartalmazta ezeket a jeladókat, és elméletileg pontosan meg kellett volna mondania a pilótáknak, hogy hol kell fordulniuk, emelkedniük és süllyedniük Miami-tól Cali termináljáig.
Mivel a szél nyugodt volt, Cali irányítói megkérdezték a pilótákat, hogy szeretnének-e egy közvetlen megközelítést végezni a 19-es kifutóra, ahelyett, hogy a 01-es kifutóra fordulnának. A pilóták egyetértettek, remélve, hogy időt nyernek. Ezután azonban tévesen törölték a megközelítési waypointokat a navigációs számítógépükből. Amikor az irányító megkérte őket, hogy ellenőrizzék Tuluá fölött, Cali északi részén, már nem voltak beprogramozva a számítógépben, ezért térképeiket kellett elővenniük, hogy megtalálják. Közben aktíválták a repülőgép sebességfékjeit, hogy lassítsák repülőgépet és gyorsítsák a süllyedést.
Mire a pilóták megtalálták Tuluá koordinátáit, már túlhaladtak rajta. Erre reagálva megpróbálták a navigációs számítógépet beállítani a következő megközelítési waypointra, Rozo-ra. Azonban a Rozo NDB-t „R”-ként azonosították a térképeiken. Kolumbia megduplázta az azonosítót a Bogotá közelében lévő Romeo NDB számára, és a számítógép tárolt waypointjainak listája nem tartalmazta a Rozo NDB-t „R” néven, csak a teljes nevével, „ROZO”-val. Olyan esetekben, amikor egy ország megengedte a duplikált azonosítókat, gyakran a legnagyobb város nevét tüntették fel először. Azáltal, hogy a lista első „R” azonosítóját választotta, a kapitány azt okozta, hogy az autopilot Bogotá felé irányította a repülőgépet, ami azt eredményezte, hogy a gép kelet felé fordult egy széles félkörben. Mire a hibát észlelték, a repülőgép egy völgyben volt, amely körülbelül észak-dél irányban futott párhuzamosan azzal a völggyel, ahol lennie kellett volna. A pilóták a gépet egy 3,000 méteres hegy irányába állították.
A légiirányító, Nelson Rivera Ramírez úgy vélte, hogy a pilóták kérdései nem voltak értelmesek, de nem beszélte a repülésben használt angol nyelvet eléggé ahhoz, hogy ezt közölje.
Tizenkét másodperccel a repülőgép az El Diluviónak nevű hegynek ütközése előtt, a Földi közelségi figyelmeztető rendszer aktiválódott, bejelezve a közelgő terepütközést és riasztást adott. E figyelmeztetés után egy másodperccel az első tiszt lekapcsolta az autopilotot, és a kapitány megpróbálta elkerülni a hegyet; azonban egyik pilóta sem emlékezett arra, hogy a korábban aktivált sebességfékeket kikapcsolja, ami csökkentette az emelkedés ütemét. 21:41:28-kor (keleti idő) a gép fákkal ütközött körülbelül 8,900 láb magasan a hegy keleti oldalán. A baleset Tuluá VOR-tól hat mérföldre és 28 mérföldre történt a Alfonso Bonilla Aragón Nemzetközi Repülőtér 19-es kifutó megközelítési végpontjától. A vizsgálatok során kiderült, hogy sem a Boeing fix alapú szimulátor, sem a repülésirányító rendszer szimulátora nem volt visszaállítható a balesetet szenvedett repülőgép repülési adatainak rögzítőjéből származó adatokkal. Mivel a 757-es repülőgép szimulátorok a tesztelés során nem voltak visszaállíthatók, nem lehetett pontosan megállapítani, hogy a repülőgép elkerülte volna-e a hegyet és fákat, ha a sebességfékeket visszahúzták volna a menekülési kísérlet során. A végső jelentés azonban megállapította, hogy ha a repülőgép személyzete egy másodperccel a menekülési manőver megkezdése után visszahúzta volna a sebességfékeket, a repülőgép elérhette volna az emelkedés során ütközési pont felett 150 láb magasságot.
A gép baleset áldozata, majd fosztogatás áldozata is lett. Zsákmányolóik a balesetet szenvedett 757-es motorjának hajtóműveit, a pilótafülke repülési eszközeit és egyéb alkatrészeit vitték el. Sok eltulajdonított alkatrész az engedély nélküli repülőgépalkatrészek fekete piacán bukkant fel a nagyobb Miami alkatrész-brokerjeinél. Ennek következményeként a légitársaság közzétett egy 14 oldalas listát, amely tartalmazta az összes eltűnt alkatrészt a balesetet szenvedett repülőgépről. A lista tartalmazta az összes alkatrész sorozatszámát is.
1997-ben Stanley Marcus amerikai körzeti bíró úgy döntött, hogy a pilóták „szándékos visszaélést” követtek el. A bírói döntését 1999 júniusában a georgiai fellebbviteli bíróság megsemmisítette, amely megsemmisítették a bíró ítéletét, és kijelentette, hogy a bíró tévedett, amikor a pilótákat hibásnak nyilvánította.
Az American Airlines számos keresetet rendezett a baleset áldozatainak családjai által indított perekben. Az American Airlines „harmadik fél keresetet” indított a Jeppesen és a Honeywell ellen, amelyek a navigációs számítógép adatbázisát készítették, és nem tartalmazták Rozo koordinátáit „R” azonosító alatt; az ügy a floridai déli kerületi bíróság előtt indult. A tárgyaláson az American Airlines elismerte, hogy jogi felelősséget visel a balesetért. A Honeywell és a Jeppesen egyaránt azt állította, hogy nincs jogi felelősségük a balesetért. 2000 júniusában a zsűri megállapította, hogy a Jeppesen 30%-ban felelős a balesetért, a Honeywell 10%-ban felelős, az American Airlines pedig 60%-ban felelős.
1996-ban egy fejlettebb földi közelségi figyelmeztető rendszert vezettek be, amely megakadályozhatta volna a balesetet. 2002 óta minden olyan repülőgép, amelyen több mint hat utas van, kötelezően felszerelendő egy fejlett terepérzékelő figyelmeztető rendszerrel. 2017 novemberétől az American Airlines továbbra is üzemelteti a Miami-Cali járatot, de már az American Airlines 921-es járataként, Boeing 737-800-assal.
