#1 Ha egy alkalmazásnak tudod a nevét (a bináris fájl nevét), akkor egy parancs megmutatja, hol van ... és vannak más parancsok, például az 'ldd' (megosztott könyvtárak). Kézikönyve:

man ldd

A bináris fájl alapján .., hol van a Thunar

which thunar

itt

/usr/bin/thunar

A tanulásban a Synaptic csomagkezelő is segíthet, ugyanis megmutat sok mindent.

@#0 A linux rendszereknél más könyvtárszerkezet van, mint például a Windows-nál.
Milyen célod lenne a "megnyitással"?
Felesleges könyvtárakat nyitogatni :), de vannak kizárólag parancsfájlokat tartalmazó könyvtárak, a programokhoz szükséges szöveges fájlokat tartalmazóak és pár másféle is ...
http://szabilinux.hu/webrh62/node234.htm
Nem tudsz, pontosabban nem fogsz olyasféléket csinálni, mint a Windows-nál. És az Android-nál is gyakori 'rootolás' is felesleges, bizonyos esetekben érdemes rövid időre emelt jogokkal rendelkezned (például frissítés, telepítés, de ezek, gondolom már nem ismeretlen témák). Ezzel azt szerettem volna mondani, hogy általában felhasználóként fogod használni a rendszert.
Amúgy tönkre fogod tenni a rendszered, ha a nyitogatás előtt nem érted meg az általános működést. Gondolom, nem vagy programozó.:)
Konkrét kérdésnél tudunk válaszolni.