#3 Ebbe én is beleszaladtam. Pendrive esetében érdemes jó sokat várni, hiába látszik úgy, hogy a másolás már lezajlott, jó ideig eltart, mire szinkronizálás, a fájlok vagy a fájlrendszer lezárása vagy valami ilyesmi megtörténik. Volt egy pendrive-om, melynek volt egy visszajelző LED-je, na annál jól látszódott, hogy milyen sokáig pislog még. Egy USB adapteren a gépre kötött merevlemezre vagy pláne SSD-re nagyságrendekkel gyorsabban megtörténik a másolás, úgyhogy pendrive-ot én már csak telepítők kiírására vagy nagyon pici állományok (dokumentumok) hordozására használok igazából, de ha másképp alakul, akkor meg tudom, hogy ez egy nyugalmat igénylő dolog, amikor elvileg végeztem, akkor még jó sokáig nem húzom le a pendrive-ot, nehogy az általad is tapasztalt miatt elölről kelljen kezdenem az egészet.

Mivel a hibát Windows alól javítottad, így a pendrive biztos valamilyen windowsos fájlrendszerre volt formázva. A Linux kezeli ezeket a fájlrendszereket, de azért nem olyan hatékonysággal bánik velük, mint valamilyen linuxos fájlrendszerrel. Az is valószínű, hogy a Windows ügyesebb a saját fájlrendszereinek használatával. A FAT32 nem jó, mert nem tudsz rá 4 GB-nál nagyobb méretű fájlokat írni és ilyen nagy kapacitású pendrive esetén az azért már felmerülhet, az NTFS meg naplózó...
Az exFAT nem naplóz (tehát nagyobb az adatvesztés lehetősége), így kevesebbet ír a pendrive-ra, ami az élettartam szempontjából előnyös és jól kezeli a Linux, a Windows és az OSX is. Viszont lehet, hogy a tévéd például nem. De egy ekkora eszközön lehet akár két partíciót is készíteni. Mindent a felhasználási cél határoz meg, annak ismeretében lehet jól választani, dönteni.
 

#2 nem jogosultsági probléma volt. hamarabb húztam ki a pendriveot mint ahogyan azt  a rendszer leválasztotta. windows-os gépen egy javítást indítottam el és a hiba megszünt.