Amennyire sikerült utánaolvasnom, a Linux disztribúciók abban az irányban vannak fejlesztve, hogy az ablakok pozíciójának és méretének a megjegyzése magának az applikációnak a feladata, nem az operációs rendszeré, ezért hiányzik ez a fícsör belőlük.
Például a Mozilla, vagy a Google Chrome  „tudja” ezt. Néhány program meg nem. Azokat tehát ki kell trükközni. Azt nem írtad meg, hogy milyen programmal szeretnéd, ezért a ötletem bemutatásához kerestem egy ilyen „nem működőt”. Választásom a multimédiás Csííz (cheese) programra esett, mivel ez benne van az alapban, legalábbis az általam használt XFCE-ben. Alkalmazd értelemszerűen a sajátodra. Azt a funkciót fogjuk kihasználni, hogy a programok alapértelmezett helye (általában /usr/bin)  az elérési útvonalban (path) hátrébb van, mint annak helyi „megfelelője”, a usr/local/bin. Ezt egy terminálablakból az echo $PATH paranccsal láthatod is. Ezért ha az utóbbi könyvtárba a programmal megegyező nevű programot teszünk, az fog először elindulni. Itt aztán tudunk trükközni.

A fenti példával tehát, terminálablakban:

which cheese

amire a válasz: /usr/bin/cheese

Ezután indítsd az általad használt kedvenc szövegszerkesztődet (nálam leafpad) rendszergazda joggal szintén terminálablakból:

sudo leafpad

majd bele ezt írod:

/usr/bin/cheese & sleep 5; /usr/bin/wmctrl -r Csííz -e 0,80,30,675,350

Mivel a saját programodra alkalmazod, a „cheese”-t értelemszerűen cseréld a sajátodra, valamint a „Csííz” nevet ki kell derítened, ld. Kimarite hozzászólását feljebb. A sleep értékével is játszhatsz, de ha túl kicsire veszed, akkor még nem jön létre az ablak, amikor a wmctrl keresné, ha túl nagy, akkor meg várnod kell, mire átméretezi. A méretezéssel pedig szabadon játszhatsz, a legegyszerűbb, ha terminálablakban csak a wmctrl-t futtava megnézed, hogy mi felel meg az igényeidnek.

Ezt kell elmentened az /usr/local/bin könyvtárba a programoddal azonos néven, jelen esetben ez a cheese.

Az így létrehozott fájlnak persze meg kell adnod a 755-ös jogot, hogy működjön.
Sok sikert!